Třeboň si za své sídlo vybral Vok z Rožmberka, který nechal zámku přistavět východní a západní sídlo. Po požáru budovy se z hradu stal renesanční zámek v italském stylu. V areálu zámku vznikl zámecký pivovar a sladovna. Sídlil zde také poslední rožmberský vladař Petr Vok. Zámek byl rozšiřován a zdoben malbami. Například se uvnitř nachází malba s 32 erby dvořanů Petra Voka z Rožmberka. Panství poté vlastnili Švamberkové a pak Schwarzenberkové. Druzí jmenovaní se zasloužili o další stavební úravy. Například za jejich vlády vznikla kašna s hlavami Turků. V zámku v roce 1940 sídlilo gestapo se školou nacistického letectva, v roce 1947 byl zámek zestátněn. V současné době v části zámku sídlí Státní okresní archiv, ukrývá v sobě původní rožmberský archiv rozšiřovaný Schwarzeneberky. 

Na zámku se dnes konají svatby a je vyhledávaným cílem turistů. Ti vybírají ze čtyř prohlídkových okruhů. Podívat se mohou do renesančních interiérů, přenesou se do doby posledních Rožmberků Petra Voka a Viléma a dozví se něco o alchymistech na zámku. Další trasa nechává nahlédout do soukromých schwarzenberských apartmá. Návštěvníci tak projdou místnostmi, kde žili nebo dokonce trávili Vánoce ještě v minulém století poslední obyvatelé komnat z rodu Scharzenberků. Zajímavé jsou i hospodářské budovy jako konírna nebo psí kuchyně. Kromě nich mohou turisté navštíví i kasematy. Nedaleko, v Domaníně, v třeboňském anglickém parku na jihovýchod od rybníka Svět stojí majestátní Schwarzenberská hrobka. Ta patří mezi architektonicky nejcennější jihočeské památky. Hrobku nechal postavit Jan Adolf II. ze Schwarzenberku se svou chotí Eleonorou v pseudogotickém stylu. I v kapli a kryptě hrobky se provádí turisté, kteří se dozví o pohřebních zvyklostech nebo okolnostech smrti těch, kteří byli do hrobky uloženi.