Nedaleký Dolní hřbitov, za jehož vznikem také stojí barokní architekt Jan Blažej Santini, je o něco starší než kostel, byl zbudovaný v roce 1709. Stejně jako kostel na Zelené hoře ho nechal zbudovat opat zdejšího cisterciáckého kláštera Václav Vejmluva. Potřeba nového hřbitova vzešla z hrozby morové epidemie. Původně měl tvar trojúhelníkový, další dvě zdi a čtvrtá kaple přibyly v roce 1755.
Oslavy tří století kostela svatého Jana Nepomuckého na Zelené hoře vrcholí nyní o víkendu a také ve středu osmadvacátého září Lidovou krojovanou poutí. V sobotu se zde koná o půl páté mše svatá, v sedm hodin večer se pak uskuteční koncert světově unikátního chlapeckého sboru z Rakouska. Zpívat Budou na plovoucím pontonu na hladině Konvetního rybníka, v případě nepříznivého počasí v bazilice Nanebevzetí Panny Marie. Nedělní poutní mše se koná též v bazilice od devíti hodin, v kostele svatého Jana Nepomuckého bude od tří hodin odpoledne znalec české historie a umění profesor Ryot přednášet o ikonografii kostela i o samotném světci. V pět hodin rozezní kostel tišnovský komorní orchestr a pěvecký sbor. V úterý zde zazpívá od sedmi hodin večer Vocatus Ecumenicus, velké mužské pěvecké těleso z Jimramova.
Nedávno obnovená tradice, lidová krojová pouť ke svatému Janu Nepomuckému se bude ve Žďáře nad Sázavou konat i letos, a to ve středu 28. září. V deset hodin vyjde průvod z baziliky Nanebevzetí Panny Marie, za doprovodu dechové hudby se vydá ke kostelu na Zelené hoře. V jedenáct hodin začne poutní mše svatá s doprovodem lidových svatojánských písní v podání Horácké muziky. V poledne vystoupí v ambitech folklorní soubory a dětské pěvecké sbory. Ve čtyři hodiny odpoledne při pěveckém koncertu vystoupí Michaela Katráková a Martin Vydra. V šest hodin večer bude v zámecké čajovně přednáška o italském malíři.